Diferencia entre la sonda y el cebador

Diferencia principal - Probe vs Primer

La PCR es una técnica utilizada en biotecnología para amplificar fragmentos de ADN específicos para diversos propósitos. La sonda y el cebador son dos tipos de oligonucleótidos monocatenarios utilizados en varios tipos de PCR. Las sondas se utilizan principalmente en qPCR, mientras que los cebadores sintéticos se utilizan en todos los tipos de PCR. los diferencia principal entre la sonda y el cebador es que la sonda es que la sonda se usa para detectar la presencia de un fragmento de ADN específico en la mezcla a través de la hibridación con un ADN de doble cadena, mientras que el cebador se usa para iniciar la reacción en cadena de la polimerasa por hibridación con ADN de cadena sencilla. En general, los cebadores se utilizan en el inicio de la replicación del ADN dentro de la célula. Las sondas también se utilizan en reacciones de hibridación..

Áreas clave cubiertas

1. Que es una sonda
     - Definición, Diseño, Importancia
2. Que es un Primer
     - Definición, Diseño, Importancia
3. Cuáles son las similitudes entre la sonda y el cebador
    - Esquema de características comunes
4. ¿Cuál es la diferencia entre la sonda y la cartilla?
   - Comparación de diferencias clave

Términos clave: hibridación, oligonucleótidos, PCR, cebador, sonda, QPCR

Que es una sonda

La sonda es un fragmento de ADN o ARN utilizado para detectar la presencia de un fragmento de ADN específico dentro de una muestra. Por lo tanto, las sondas se pueden utilizar para dos tipos de técnicas, en qPCR y en reacciones de hibridación. Se deben considerar cuatro hechos en el diseño de una sonda..

1. Ubicación - Las sondas deben hibridar con la cadena de ADN en una proximidad cercana al cebador inverso o directo. Pero, no debe solaparse con los sitios de unión del cebador. En general, las sondas se hibridan con cualquiera de las cadenas del dúplex de ADN..
2. Temperatura de fusión (Tm) - La temperatura de fusión de la sonda debe ser 6-8 ° C más alta que la de los cebadores..
3. Temperatura de recocido (Ta) - La temperatura de recocido del experimento debe ser 5 ° C por debajo de la temperatura de fusión de los cebadores..
4. Contenido GC - El contenido de GC de la sonda debe ser del 35-65%. El extremo 5 'de la sonda no debe contener una G.

En qPCR, las sondas están marcadas con tintes fluorescentes o elementos radiactivos. Estas sondas se hibridan con la secuencia diana en el dúplex de ADN. También se utilizan diferentes tipos de sondas marcadas, ya sea con elementos radiactivos o fluorescencia, en varios tipos de reacciones de hibridación. La hibridación de las sondas de PNA a sus secuencias diana se muestra en Figura 1. Las sondas de PNA se utilizan para determinar la longitud de los telómeros.

Figura 1: Hibridación de las sondas de PNA

Durante la hibridación, las sondas se unen al ADN monocatenario de manera complementaria. 

Que es un Primer

Primer se refiere a una cadena corta de ADN o ARN que sirve como punto de partida para la síntesis de ADN. Los cebadores de ARN se utilizan dentro de la célula para iniciar la replicación del ADN con la ayuda de la ADN polimerasa. Los cebadores de ADN sintético se usan principalmente en la PCR para amplificar el fragmento de ADN deseado. La secuencia objetivo está flanqueada por dos cebadores conocidos como cebador directo y cebador inverso. Especificidad y complementariedad Son los factores primarios en el diseño de primers. También deben evitarse las estructuras secundarias. A continuación se describen otros factores que deben considerarse durante el diseño de los cebadores..

1. Temperatura de fusión (Tm) - La temperatura de fusión óptima del cebador directo e inverso debe ser de 60-64 ° C.
2. Temperatura de recocido - La temperatura de recocido del experimento debe ser 5 ° C por debajo de la temperatura de fusión de cada cebador..
3. Contenido GC - El contenido de GC de los cebadores debe ser del 35-65%..

El recocido del cebador directo e inverso a las dos cadenas del ADN objetivo se muestra en Figura 2.

Figura 2: Primer Recocido

En la secuenciación del ADN, los cebadores se utilizan en la amplificación del fragmento objetivo. Los cebadores pueden marcarse con elementos radiactivos o con fluorescencia para diversos fines de detección. 

Similitudes entre Probe y Primer

• La sonda y el cebador son dos tipos de oligonucleótidos monocatenarios utilizados en diversas técnicas de PCR para hibridar con ADN complementario.
• Tanto la sonda como el cebador son específicos de un fragmento de ADN particular.
• Tanto la sonda como el cebador pueden ser ADN / ARN.
• Tanto las sondas como el cebador tienen temperaturas específicas para recocer con la secuencia objetivo.
• Tanto la sonda como el cebador pueden enredarse con un fluoróforo para la detección.

Diferencia entre la sonda y el cebador

Definición

Sonda: La sonda es un fragmento de ADN o ARN utilizado para detectar la presencia de un fragmento de ADN específico dentro de una muestra.

Cebador: Primer es una cadena corta de ADN o ARN que sirve como punto de partida para la síntesis de ADN.

Papel

Sonda: Las sondas se utilizan para detectar un fragmento de ADN específico en qPCR.

Cebador: Los cebadores se utilizan para iniciar la replicación del ADN. También se utiliza en el inicio de la PCR..

Longitud

Sonda: La longitud de una sonda puede variar desde 25 hasta 1000 pares de bases..

Cebador: La longitud de un cebador puede variar de 18 a 22 pares de bases..

Hibridación

Sonda: Las sondas se hibridan con ADN de doble cadena..

Cebador: Los cebadores se hibridan con ADN monocatenario..

Etiquetado

Sonda: Las sondas generalmente se marcan con un fluoróforo para la detección..

Cebador: Los imprimadores se pueden etiquetar según el propósito.

Conclusión

La sonda y el cebador son dos tipos de oligonucleótidos monocatenarios utilizados en varios tipos de PCR. Las sondas se utilizan en la detección de fragmentos de ADN específicos en qPCR. Los cebadores se utilizan para iniciar la replicación del ADN dentro de la célula y también se usan en el inicio de la PCR. Por lo tanto, la principal diferencia entre la sonda y el cebador es su propósito..

Referencia:

1. Diseño de cebadores y sondas de PCR, Tecnologías de ADN integradas, disponibles aquí.

Imagen de cortesía:

1. “Flujo de trabajo Q-FISH” por Jclam en la Wikipedia en inglés (CC BY 3.0) a través de Commons Wikimedia
2. "Primers RevComp Elongation" Por Richard Wheeler (Zephyris) - Trabajo propio (CC BY-SA 3.0) a través de Commons Wikimedia